La calidad de las muestras de ADN puede influir en el proceso de generación de bibliotecas y secuenciación, por lo que la UGA (Unidad de Genómica Avanzada), LabSerGen, Biosystems Corp y Oxford Nanopore Technologies se deslindan de la responsabilidad.
+
Antes de enviar las muestras, estas deben pasar por un proceso de revisión con el personal de LabSerGen, por lo que deberán enviar una foto del gel de agarosa, así como las lecturas de calidad e integridad.
Las muestras deberán estar resuspendidas en agua libre de nucleasas estéril y para él envió deberán estar congeladas. Las muestras serán enviadas por paquetería exprés o entregadas en persona a: la Unidad de Genómica Avanzada, Km. 9.6 Libramiento Norte, Carretera Irapuato-León, C.P. 36824, Irapuato, Gto. México.Dirigido a: Guadalupe Mireles, Rocío Razo y Karina Atriztán.
Con el objetivo de asegurar DNA de alto peso molecular, considerar que el protocolo de secuenciación está validado empleando el kit de extracción NEB Monarch® Spin gDNA Extraction Kit y Maxwell® RCS PureFood Pathogen Kit. Considerar las siguientes recomendaciones:
Método extracción universal
Extracción universal de ADNg por perlas:
Para requisitos de alto rendimiento y aplicaciones universales
Métodos manuales basados en columnas:
Extracción de ADNg de bacterias:
Para bacterias, como Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Enterococcus faecalis y Bacillus subtilis o estafilococos como Staphylococcus aureus y Staphylococcus epidermidis
Extracción de ADNg de organismos difíciles de lisar:
Para bacterias, como Mycobacterium tuberculosis.
Extracción de ADNg de hongos:
Para hongos/levaduras, como Candida albicans, Candida tropicalis y Candida parapsilosis.
+
Esto dependerá de la integridad del ADN con el que se inicie, pero la secuenciación por nanoporos usando una flowcell MinIon se obtendrá en promedio de >10Kb..
+
El taller Bioinformático se dividirá en dos etapas, en la primera Biosystems Corp y Oxford Nanopore technologies, nos enseñaran a utilizar los software de Oxford Nanopore technologies para el ensamble de lecturas provenientes de sus plataformas de secuenciación. En la segunda etapa, personal de LabSeGen, enseñará a los ganadores, los aspectos básico para un ensamble de genoma utilizando software libre.
+
Las muestras serán procesadas en su totalidad por personal de LabSerGen, biosystems Corp y Oxford Nanopore technologies, por lo que los participantes seleccionados solo podrán observar el proceso de preparación y secuenciación. Esto se hace para evitar variaciones que puedan influir en los resultados.
+
El LabSerGen hará entrega de los archivos crudos a cada uno de los participantes seleccionados por medios seguros, resguardando la información por un máximo de 60 días en los que el usuario podrá descargarlas y resguardarlas. Pasado este tiempo LabSerGen borrará todas las bibliotecas secuenciadas.
+
Solo se recibirá a una persona por proyecto.
+
LabSerGen podrá emitir una factura, siempre y cuando el pago se haga en el periodo comprendido entre el 13 de enero y 10 de febrero.
+
LabSerGen, procesará las muestras y hará la entrega de las secuencias crudas al responsable del proyecto registrado en la convocatoria.
Primero te recomendamos preguntes en tu hotel si te ofrecen ese servicio de transporte, ya que algunos hoteles alrededor lo tienen. De no ser así, quizá la mejor alternativa sea Uber.
