Secuenciación por Chip Semiconductor

La secuenciación en chip semiconductor, se basa en la capacidad de sistema para detectar un ion Hidrogeno [H+] que es liberado durante la polimerización de la cadena complementaria a un DNA patrón.

La polimerización se lleva a cabo en conjunto de pocillos, colocados sobre un sensor de efecto de campo sensible a iones, utilizados en las mediciones de pH en soluciones, por lo que cuando cambia la concentración de iones, cambia por consecuencia la corriente del transmisor y genera una señal eléctrica detectada en el chip, asi lo que se detecta es la incorporación de cada nuevo nuecleótido que se agrega a la cadena en crecimiento.

A diferencia de otras plataformas de secuenciación no utiliza un sistema óptico de detección.

Aplicaciones
  • Genómica
  • Transcriptómica
  • Epigenética (Secuenciación de small RNA)
  • Análisis de micro-RNA's
  • Metagenómica
  • Secuenciación de Amplicones
  • Paneles de detección
  • Secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (CHIP-Seq)
Equipo
Plataforma Tipo de Chip Rendimiento Longitud Promedio No. de lecturas
PGM 316 ≥100Mb ±100bases ±1.000.000
PGM 316 ≥200Mb ±200bases ±1.000.000
PGM 318 ≥400Mb ±100bases ±4.000.000
PGM 318 ≥800Mb ±200bases ±4.000.000
ION PROTON PI ≥7 Gb ±100 bases ±75,000,000
Descripción del Servicio
El Servicio incluye:

  • Preparación de la/s Biblioteca/s.
  • Amplificación clonal de los fragmentos unidos a nanoperlas (PCR en Emulsión).
  • Enriquecimiento de las perlas.
  • Secuenciación en PGM o IonProton.
  • Análisis de la calidad de las secuencias.
  • Entrega de resultados.
  • Análisis Bioinformático (opcional).
Requisitos de la Muestra
DNA genómico y/o ampliconesRNA Total
  • Para DNA genómico se requieren 3 μg diluido en agua o TE 1X, integro y limpio, a una concentración no menor de 100ng/μl ó puede enviarse la muestra liofilizada.
  • Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl
  • El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.7 - 2.0 y a una Absorbancia de 260/230 entre 1.8 - 2.0
  • Incluir fotografía ó gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel.
  • Para hacer análisis transcriptómicos se requieren 3 μg de RNA total, integro y limpio, diluido en agua, a una concentración no menor de 50 ng/μl y congelado.
  • Para análisis de micro RNA´s y RNA´s pequeños se requiere 2 μg total.
  • El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.7 - 2.0 y a una Absorbancia de 260/230 entre 1.8 - 2.0
  • Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.
  • El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
Entrega de Resultados

Toda la información será enviada al cliente a través de nuestro sitio de entrega de resultados, con una clave de usuario y contraseña:

Datos a entregar:

  • Reporte en formato pdf indicando el proceso de las muestras y sus respectivo Identificadores.
  • Archivo en formato fastq. incluye las lecturas (reads) y sus calidades definidas en base al estándar de calidad Phred, con un promedio de calidad 30.
  • Archivos respectivos conforme al análisis Bioinformático solicitado.
Formatos
Costos y Contacto

COSTOS EXTERNOS( Precios en Dólares más IVA )

  • 1 Biblioteca a partir de DNA : $ 425.00
  • 8 Biblioteca a partir de DNA : $ 255.00 c/u
  • 1 Biblioteca a partir de RNA total: $ 411.00
  • 8 Biblioteca a partir de RNA total: $ 256.00 c/u c/u

Nota: El precio de las bibliotecas puede variar dependiendo del número de muestras a procesar

  • Emulsión y corrida PGM, Chip 318, 300b long. : $ 1,725.00
  • Emulsión y corrida Proton, Chip PI, 90b long. : $ 1,812.00
María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera
guadalupe.mireles@cinvestav.mx
Tel: (462) 166 3024

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