PiroSecuenciación

La técnica de pirosecuenciación se basa en la detección de la señal luminosa generada por una reacción quimioluminiscente, en la cual es utilizada como sustrato, el pirofosfato que se libera como resultado de la incorporación de un nucleótido a la cadena de ADN naciente.

Actualmente esta técnica cuenta con 3 plataformas, las cuales tienen la capacidad de monitorear en paralelo un promedio de un millón de reacciones individuales, descifrando en una sola corrida, aproximadamente 35 millones de bases, 380 millones de bases o 500 millones de bases, según la plataforma.

Aplicaciones
Secuenciación de Identificación de
Genómas completos MicroRNA’s
Transcriptomas SNPs
Metagenomas Sitios de union para la transcripcion
Amplicones
Extremos Apareados
Equipo
SBS TITANIUM Y FXL+JUNIOR TITANIUM Y FLX+
No. Regiones Tamaño de la Placa
Promedio de bases leidas por region (Mb) Titanium Promedio de bases leidas por region (Mb)<XL+>
Secuencias individuales por region X10³
2 70x75 160-240 200-300 400-600
4 70x75 55-100 70-120 150-200
8 70x75 28-45 35-60 60-100
16 70x75 8-13 oct-20 20-30
Plataforma Promedio de bases leidas por region (Mb)
Secuencias Individuales
GS Junior Titanium 35,000,000 100,000
GS Junior FLX+ 70,000,000
Descripción del Servicio
  • Es posible etiquetar bibliotecas con identificadores múltiplex (MID), lo que permite secuenciar en pool diferentes bibliotecas.
  • En las bibliotecas de Extremos Apareados los fragmentos pueden ir de 1.5 - 3 Kb, de 6 a 8 Kb ó de 18 a 23 Kb. Este tipo de bibliotecas ayuda en el ensamblado de genomas.
  • Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ, con calidad superior a Q30*: ≥ 70 %.
  • Análisis Bioinformático (opcional).
El porcentaje de bases con Q30 está promediado en base a toda la corrida y no en función a cada ciclo o lectura.
Requisitos de la Muestra
  • DNA genómico fragmentado con un tamaño de los fragmentos no menor a 1.5 Kb.
  • El DNA no debe contener material particulado, no deberá estar degradado ni amplificado.
  • DNA genómico nuclear, cDNA o amplicones 4 μg de material limpio y sin degradación.
  • DNA total 7 μg de material limpio y sin degradación.
  • Para el caso de pequeñas secuencias Tags, productos de Pcr ó derivados de MicroRNAs, el rango de tamaño del DNA deberá ser de entre 70pb-500pb.
  • El cliente deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.8.
  • En el caso donde la solicitud sea generar bibliotecas tipo Paire End (extremos apareados) es importante considerar:
    • Para fragmentos de rangos entre 1.5 a 3 Kb, es indispensable 25 μg de DNA integro.
    • Para fragmentos de rangos entre 6 a 8 Kb, es indispensable 50 μg de DNA integro.
    • Para fragmentos de rangos entre 18 a 23 Kb, es indispensable 90 μg de DNA integro.
  • El DNA deberá ser enviado disuelto en TE 1X a una concentración no menor a 50 ng/μl ó liofilizado.
  • Los tubos deberán estar etiquetados indicando el nombre con letra legible el nombre original.
La calidad de las muestra es verificada antes de iniciar los procesos.
Entrega de Resultados
  • El usuario recibirá un reporte con el resumen de sus resultados y una liga para descargar los resultados que incluyen: Archivos con todas las lecturas en formato Fasta, que incluyen los archivos correspondientes de calidad en base al estándar de calidad Phred. El promedio mínimo es de 20 (aunque usualmente es mayor a 25).
  • Contigs (archivos de consensos y de calidad) tal y como se obtienen del procedimiento automático de ensamblaje realizado con el software intrínseco del secuenciador, solo en caso de que se solicite.
  • Procedimientos de ensamblaje adicionales o análisis bioinformáticos están disponibles a un costo adicional. Por favor contáctenos para sus necesidades específicas.
Formatos
Costos y Contacto
  • 1 Biblioteca a partir de DNA : $ 368.00
  • 8 Biblioteca a partir de DNA : $ 180.00 c/u
  • 1 Biblioteca paired end 3k: $1,436.00 c/u
  • 1 Biblioteca paired end 8 -20 kb: $1,7166.00 c/u

Nota: El precio de las bibliotecas puede variar dependiendo del número de muestras a procesar

  • Corrida más emulsión XL+: $ 4,634.00
  • Corrida más emulsión Junior: $ 2,071.00
  • Corrida más emulsión Titanium: $ 4,619.00

Nota: Precios en Dolares más IVA

Rocío Razo Beltrán
rocio.razo@cinvestav.mx
Tel: (462) 166 3024

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