SERVICIO DE GENOTIPADO POR SECUENCIACIÓN GBS

Información del Servicio

El procedimiento GBS (Genotyping by Sequencing ) o Genotipado por Secuenciación, es posible realizarse utilizando plataformas de secuenciación de nueva generación para especies de gran diversidad y genomas de gran tamaño.

En el proceso de preparación de las muestras, se lleva a cabo un fraccionamiento con enzimas de restricción, para posteriormente quedarse con un porcentaje del genoma fraccionado para secuenciar solo el genoma reducido, pero de manera reproducible, con la finalidad de secuenciar la misma fracción del genoma, pero en diferentes muestras de la misma especie. Este enfoque simple, rápido, extremadamente específico y altamente reproducible, puede simplificar enormemente los problemas de alineación que son computacionalmente desafiantes en especies con altos niveles de diversidad genética.

La técnica te permite trabajar muestras que no cuentan con genoma de referencia ya que solo es necesario desarrollar un mapa de referencia alrededor de los sitios de restricción.

Una de las aplicaciones de la técnica de GBS es la conservación de especies y las exploraciones globales de estas, así como el análisis de poblaciones a un costo mucho más bajo.

Características del Servicio
  • A. Análisis de simulación de cobertura con Genoma de Referencia, útil para tomar una decisión en la cantidad de reads y tamaño de los reads a secuenciar.

    Tamaño Promedio del Read vs numero de Reads Tamaño del Read vs Cobertura
  • Preparación de las muestras y secuenciación

  • Entrega del reporte de resultados y de archivos fastq.

  • En caso de que el usuario solicite algún tipo de análisis bioinformático, se entregaría reporte y resultados del análisis.

Nota: El laboratorio cuenta con los servicios de análisis bioinformático

Requisitos de la muestra
  • El usuario deberá definir el número de reads requeridos, tamaño de los insertos a secuenciar, porcentaje del genoma a secuenciar, la profundidad y formato de corrida.

  • Entregar DNA genómico de 0.5 a 1 μg, diluido en agua, integro, limpio, y a una concentración no menor de 50 ng/μl o puede enviarse la muestra liofilizada.

  • El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.8.

  • Incluir fotografía o gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel.

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o rendimiento de los resultados o bien puede inhibir las reacciones iniciales del proceso lo que no permitiría obtener la biblioteca.

Entrega de Resultados

Toda la información será enviada al cliente a través de nuestro sitio de entrega de resultados, con una clave de usuario y contraseña:

Datos a entregar:
  • Reporte en formato pdf indicando el proceso que se siguió con las muestras y sus respectivo Identificadores.

  • Archivo en formato fastq. incluye las lecturas (reads) y sus calidades definidas en base al estándar de calidad Phred, con un promedio de calidad arriba de 20.

  • Archivos respectivos conforme al análisis Bioinformático, en caso de que esta haya sido solicitado.

  • Análisis Bioinformática para GBS:

    • Formación de clústeres o secuencias consenso alineados a la referencia.

    • Formación de clústeres o secuencias consenso sin el uso de referencia.

    • Detección SNP.

    • Análisis de árboles filogenéticos.

    • Análisis de Componentes Principales (PCA).

    • Análisis de la estructura de la población.

Formatos
Costos
  • Costo solo de Biblioteca GBS utilizando las enzimas Bgl II + Dde I


    >Numero de Bibliotecas GBSCosto por Biblioteca (Dls.)
    1 a 4 512.00
    5 a 9 128.50
    10 a 19 81.00
    20 a 24 57.00
    25 a 29 52.00
    30 a 34 49.00
    35 a 39 46.50
    40 a 44 44.50
    45 a 49 43.50
    50 a 54 42.00
    55 a 59 41.50
    60 a 64 41.00
    65 a 69 40.00
    70 a 74 39.50
    75 a 79 39.00
    80 a 84 39.00
    85 a 89 38.00
    90 ss 38.00
  • Costos de Secuenciación

    • De acuerdo al tamaño del Read y a la cantidad de Reads requeridos, podrá seleccionar la plataforma de secuenciación adecuada, en la pestaña de Secuenciación por Síntesis (NGS) encontrará opciones.

    • En caso requerir apoyo para cálculos del tamaño del Read y cantidad de Read, favor de contactarnos.

Contacto
Guillermo Corona Armenta
guillermo.corona@cinvestav.mx
Tel. +52 (462) 166 3024
Q. Beatriz Jiménez Moraila
beatriz.jimenez@cinvestav.mx
Tel. +52 (462) 166 3021

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