IDENTIFICACION DE GENERO Y ESPECIE PARA BACTERIAS Y ARQUEOBACTERIAS A PARTIR DEL GEN 16S Y SECUENCIACION CAPILAR

Antecedentes

El gen del RNA ribosomal o la secuencia codificante del RNA ribosomal “rRNA” del 16S de ~ 1,550 pb, se encuentra en todos los organismos procariontes (bacterias y arqueobacterias), es una secuencia de DNA ampliamente utilizada en estudios filogénicos y una herramienta muy poderosa para la identificación taxonómica.

El gen 16S rRNA tiene varias regiones conservadas que son comunes a un gran número de especies bacterianas, y regiones variables, que son compartidas por menos especies. Es posible amplificar por PCR (reacción de polimerización en cadena) las regiones conservadas para una posterior identificación por secuenciación y su análisis, sin embargo, amplificar la región utilizando los cebadores universales no puede apuntar a todas las bacterias o arqueobacterias.

Utilizando la misma técnica del PCR para amplificar el gen completo 16S rRNA, secuenciando los productos y analizándolos contra las bases de datos del gen 16S, es posible identificar el género y en algunos casos la especie del microorganismo, dependiendo de la calidad de los datos ingresados en estas bases de datos disponibles, sin embargo, la identificación de los microorganismos utilizando para el análisis el gen 16S completo, es mucho más certero que analizando solo la región que se genera con los cebadores universales.

El objetivo de este servicio es que por medio de la amplificación de la mayor parte del gen 16S, con su posterior secuenciación y análisis, sea posible identificar el género de un microorganismo y tratar de identificar la especie con el mayor grado de certeza posible, considerando que esta identificación depende de la información y la calidad de las secuencias con las que cuentan las bases de datos de gen 16S rRNA.

También es muy importante considerar que para este tipo de identificación se deberá partir de un cultivo puro o una colonia única.

Figura 1. Secuenciación del gen 16S rRNA. a)Representación esquemática del gen 16S rRNA que muestra regiones variables (V1– V9) y regiones con secuencia conservadas (segmentos blancos). b)Segmento entre los nucleótidos 8 al 1,511 donde las secuencias se superponen, sirven como un sitio de unión de cebador para los amplicones de PCR "A" y "B". c)Secuenciación bidireccional de los productos de PCR "A" y "B" por el método de Sanger. d)Análisis de la secuencia ensamblada para identificar género y especie.

Descripción del Servicio

Utilizando la técnica del PCR para amplificar el gen completo 16S rRNA, con su posterior secuenciación por el método de SANGER y análisis, es posible identificar el género del microorganismo y tratar de identificar la especie con el mayor grado de certeza posible, esto último considerando que la identificación depende de la información y la calidad de las secuencias con las que cuentan las bases de datos disponibles del gen 16S rRNA.

Flujo de Trabajo

Entrega de Resultados
  1. Toda la información será transferida al cliente vía FTP.
  2. Los datos que serán entregados incluyen:
    • Electroferogramas de cada una de las muestras en formato.ab1
    • Si el cliente lo requiere, se enviará el archivo texto en formato Fasta junto con los
      electroferogramas, siempre y cuando lo solicite.
    • Una vez hecho el análisis para la identificación se entregaría una tabla de identidad y gráfica de clasificación.

El usuario tiene 3 meses posteriores a la entrega del reporte para recoger sus muestras y descargar sus datos, el laboratorio no se hace responsable de almacenarlos después de ese tiempo.

Electroferograma

Archivos Entregables

Requerimientos de la Muestra

    Partiendo de DNA genómico.

  • Las muestras de DNA genómico deberán de ser entregadas en tubos eppendorf a una concentración de 50 ng/ul en 10 ul, en agua libre de nucleasas, no usar agua de DEPC a una relación 260/230 y 260/280 de 1.8 a 2.0.
  • No entregar menos de 300 ng totales del DNA genómico.
  • Se requiere de una fotografía de la integridad de cada una de las muestras como la cantidad de material que se entrega al laboratorio de Servicios genómicos.
  • Las muestras deben estar perfectamente rotuladas de una manera legible e indeleble, el ID proporcionado será utilizado para la entrega de resultados.
  • El laboratorio de Servicios genómicos no se hace responsable del empleo de muestras degradadas.
  • Por ningún motivo serán recibidos las muestras si el usuario no entrega la hoja del Servicio de Identificación de Bacterias previamente llena y con la firma del responsable del proyecto.

Formatos de Solicitud
Contacto
IA. María de Jesús Ortega Estrada
maria.ortega@cinvestav.mx
Tel. +52 (462) 166-3000 Ext(s). 3126, 3024
Guillermo Corona Armenta
guillermo.corona@cinvestav.mx
Tel. +52 (462) 166 3024

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