Secuenciación por Síntesis

La secuenciación por síntesis SBS, es una más de las tecnologías de secuenciación masiva de nueva generación que utilizan la amplificación clonal in vitro por medio de un PCR en puente.

Los fragmentos a secuenciar son preparados con adaptadores en los extremos, para permitir que sus cadenas desnaturalizadas puedan unirse a una superficie sólida y así poder ser enriquecidas por medio de una amplificación tipo puente, generando clusters de cadenas del mismo fragmento, con el fin de amplificar la señal generada por los nucleótidos fluorescentes incorporados a la cadena en crecimiento y así puedan ser detectados por una cámara, esto durante un proceso cíclico que permite alargar las lecturas dependiendo de la plataforma seleccionada.

Aplicaciones
  • Genómica
  • Transcriptómica
  • Epigenética (Secuenciación de small RNA)
  • Análisis de micro-RNA's
  • Metagenómica
  • Secuenciación de Amplicones
  • Paneles de detección
  • Secuenciación de Exoma
  • GBS, RAD-Seq y ddRAD-Seq
Equipo
NEXTSEQMISEQ
Formato No. de lecturas por Placa
Capacidad por corrida (bases)
1x75 High ±380,000,000 25,000,000,000
2x75 High ±380,000,000 x 2 50,000,000,000
1x130High ±380,000,000 x 2 50,000,000,000
2x150High ±380,000,000 x 2 110,000,000,000
2x75 Mid ±110,000,000 x 2 18,000,000,000
1x130 Mid ±110,000,000 x 2 18,000,000,000
2x150 Mid ±110,000,000 x 2 35,000,000,000
Formato No. de lecturas por corrida Capacidad por corrida (bases)
1x50 ±11,000,000 x 1 730,000,000
2x75 ±20,000,000 x 2 3,100,000,000
2x150 ±11,000,000 x 2 4,300,000,000
2x250 ±11,000,000 x 2 7,200,000,000
2x300 ±20,000,000 x 2 12,500,000,000
Descripción del Servicio

La preparación de las bibliotecas a partir de DNA, Amplicones y/o RNA (o sus variantes).

  • Amplificación clonal para la generación de cluster.
  • Corrida de secuenciación.
  • Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ, con calidad superior a Q30*: ≥ 70 %, dependiendo del kit y plataforma utilizada.
  • Análisis Bioinformático (opcional)
El porcentaje de bases con Q30 está promediado en base a toda la corrida y no en función a cada ciclo o lectura.
Requisitos de la Muestra
DNA genómico y/o ampliconesRNA Total
  • Para DNA genómico se requieren 4 μg diluido en agua, integro y limpio, a una concentración no menor de 100ng/μl ó puede enviarse la muestra liofilizada.
  • Para secuenciación de extremos de DNA genómico de fragmentos largos (2-5Kb o de 5-15Kb), se requieren 20μg de DNA integro y limpio a una concentración no menor de 1μg/μl.
  • Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl.
  • También ofrece el servicio de generación de amplicones, favor de contactarse.
    El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es de por lo menos 1.8.
  • Incluir fotografía ó gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel.
  • Para hacer análisis transcriptómicos se requieren 4 μg de RNA total, integro y limpio.
  • Para análisis de micro RNA´s y RNA´s pequeños se requiere 2 μg total.
  • El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es 2.
  • Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.
  • El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
  • La muestra de RNA deberá entregarse en agua, congelada y a una concentración no menor de 50 ng/μl.
Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o rendimiento de los resultados o bien puede inhibir las reacciones iniciales del proceso lo que no permitiría obtener la biblioteca.
Entrega de Resultados

Toda la información será enviada al cliente a través de nuestro sitio de entrega de resultados, con una clave de usuario y contraseña:

Datos a entregar:

  • Reporte en formato pdf indicando el proceso de las muestras y sus respectivo Identificadores.
  • Archivo en formato fastq. incluye las lecturas (reads) y sus calidades definidas en base al estándar de calidad Phred, con un promedio de calidad 30.
  • Archivos respectivos conforme al análisis Bioinformático solicitado.
Formatos
Costos y Contacto

COSTOS (Precios en Dólares más IVA)

  • 1 Biblioteca a partir de DNA : $ 222.00
  • 16 Bibliotecas a partir de DNA : $ 89.00 c/u
  • 1 Biblioteca a partir de RNA total o mensajero: $ 408.00
  • 16 Bibliotecas a partir de RNA : $ 153.00 c/u
  • 8 Bibliotecas small RNA: $ 191.00 c/u

Nota: El precio de las bibliotecas puede variar dependiendo del número de muestras a procesar.

Costo Corridas en su máxima expresión

  • Corrida en MiSeq 2x300: $ 2,687.00
  • Corrida en NextSeq 2x150, Alto Rendimiento: $ 7,396.00
  • Corrida en una linea del HiSeq 2x100 : $ 3,490.00


Metagenómica

Generación de 45 amplicones, sus respectivas bibliotecas etiquetadas y la secuenciación para generar más o menos 20,000 lecturas por muestra: $63.7 c/u (El precio varía dependiendo del número de lecturas requeridas)

María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera
guadalupe.mireles@cinvestav.mx
Tel: (462) 166 3024

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