SECUENCIACIÓN POR SÍNTESIS

La secuenciación por síntesis SBS, es una más de las tecnologías de secuenciación masiva de nueva generación que utilizan la amplificación clonal in vitro.

Los fragmentos a secuenciar son preparados con adaptadores en los extremos, para permitir que sus cadenas desnaturalizadas puedan unirse a una superficie sólida y así poder ser enriquecidas por medio de una amplificación tipo puente, generando clusters de cadenas del mismo fragmento, con el fin de amplificar la señal generada por los nucleótidos fluorescentes incorporados a la cadena en crecimiento y así puedan ser detectados por una cámara, esto durante un proceso cíclico que permite alargar las lecturas dependiendo de la plataforma seleccionada.

Aplicaciones

Genómica
Transcriptómica (RNA-Seq)
Epigenética (micro RNA´s, small RNA, regiones metiladas)
ChIP-Seq
Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS)
Secuenciación de Amplicones
Secuenciación de zonas enriquecidas para detección de enfermedades
Secuenciación de Exoma
Genotyping by Sequencing (GBS)

Equipo

NEXTSEQMISEQNOVASEQ

Formato	No. de lecturas por Placa	Capacidad por corrida (bases)
NextSeq 75 ciclos High	±380,000,000 x 1	25,000,000,000
NextSeq 150 ciclos High (2x75 o 1x130)	±380,000,000 x 2	50,000,000,000
NextSeq 300 ciclos High (2x150 o 1x250)	±380,000,000 x 2	110,000,000,000
NextSeq 150 ciclos Mid (2x75 o 1x130)	±110,000,000 x 2	18,000,000,000
NextSeq 300 ciclos Mid (2x150 o 1x250)	±110,000,000 x 2	35,000,000,000
NextSeq 36 ciclos High TruSeqSmallRNA	±380,000,000 x 1	13,500,000,000
NextSeq 36 ciclos MID TruSeqSmallRNA	±110,000,000 x 1	3,960,000,000

Formato	No. de lecturas por corrida	Capacidad por corrida (bases)
MiSeq 50 Ciclos	±11,000,000 x 1	730,000,000
MiSeq 150 ciclos (2x75 o 1x130)	±20,000,000 x 2	3,100,000,000
MiSeq 300 Ciclos (2x150 o 1x250)	±11,000,000 x 2	4,300,000,000
MiSeq 500 Ciclos (2x250 o 1x450)	±11,000,000 x 2	7,200,000,000
MiSeq 600 Ciclos (2x300 o 1x550)	±20,000,000 x 2	12,500,000,000
MiSeq 300 Ciclos MICRO	±4,000,000 x 2	1,200,000,000
MiSeq 300 Ciclos NANO	±1,000,000 x 2	500,000,000
MiSeq 500 Ciclos NANO	±1,000,000 x 2	500,000,000

Formato (Incluye Accesorio XP Para poder dividir)	No. de lecturas por corrida	Capacidad por corrida (bases)
(SP)Single-reads, 100 bp	±650,000,000 x 1	65,000,000,000
(SP)Paired-reads, 2x100bp	±650,000,000 x 2	130,000,000,000
(SP)Paired-reads, 2x150bp	±650,000,000 x 2	195,000,000,000
(SP)Paired-reads, 2x250bp	±650,000,000 x 2	325,000,000,000
(S1)Single-reads, 100 bp	±1,300,000,000 x 1	130,000,000,000
(S1)Paired-reads, 2x100bp	±1,300,000,000 x 2	260,000,000,000
(S1)Paired-reads, 2x150bp	±1,300,000,000 x 2	390,000,000,000
(S2)Single-reads, 100 bp	±3,300,000,000 x 1	330,000,000,000
(S2)Paired-reads, 2x100bp	±3,300,000,000 x 2	660,000,000,000
(S2)Paired-reads, 2x150bp	±3,300,000,000 x 2	990,000,000,000
(S4)Single-reads, 35 bp	±8,000,000,000 x 1	280,000,000,000
(S4)Paired-reads, 2x100bp	±8,000,000,000 x 2	2,400,000,000,000
(S4)Paired-reads, 2x150bp	±8,000,000,000 x 2	1,600,000,000,000

Descripción del Servicio

Preparación de las bibliotecas a partir de DNA, Amplicones (y/o productos de PCR), o bien RNA (o sus variantes).

Amplificación clonal para la generación de cluster.
Corrida de secuenciación.
Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.
Análisis Bioinformático (opcional)

El porcentaje de bases con Q30 está promediado en base a toda la corrida y no en función a cada ciclo o lectura.

Requisitos de la Muestra

DNA genómico y/o ampliconesRNA Total

Para DNA genómico se requieren 2 μg diluido en agua, integro y limpio, a una concentración no menor de 200ng/μl ó puede enviarse la muestra liofilizada.
Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl.
Para productos de PCR (Amplicones) se requieren 500 ng de la muestra, a una concentración no menor de 25ng/μl.
También se ofrece el servicio de generación de amplicones, favor de contactarse.
El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 y DO 260/230 >= 1.8.
Incluir fotografía ó gráfica que muestre la calidad e integridad de la muestra, así como la foto de un gel.

Para hacer análisis transcriptómicos se requieren 4 μg de RNA total, integro y limpio.
Para análisis de micro RNA´s y RNA´s pequeños se requiere 2 μg total.
El usuario deberá proveer evidencia de que el cociente DO 260/280 es 2.
Es necesario que el Valor Integral (RIN) sea mayor o igual a 8.
El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
La muestra de RNA deberá entregarse en agua, congelada y a una concentración no menor de 50 ng/μl.

Nota: En caso de querer hacer análisis trancriptómicos de procariotes es necesario que el usuario envíe el RNA mensajero ó cDNA de los mensajeros.

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o rendimiento de los resultados o bien puede inhibir las reacciones iniciales del proceso lo que no permitiría obtener la biblioteca.