SECUENCIACIÓN DE NANOESFERAS DE DNA (DNA Nanoballs Sequencing-DNBSEQ)

MGI Tech, una subsidiaria del Grupo del Instituto de Genómica de Beijing (BGI), lanzó una serie equipos de secuenciación de nueva generación NGS (BGI-200, BGI-500, MGISEQ-2000 y MGISEQ-T7) basadas en tecnología de secuenciación de nanobolas de ADN.

La secuenciación de nanoesferas de ADN es una tecnología de secuenciación de alto rendimiento que se utiliza para determinar la secuencia genómica completa de un organismo. El método utiliza la replicación en círculo rodante para amplificar pequeños fragmentos de ADN genómico en nanoesferas de ADN. Los nucleótidos fluorescentes se unen a nucleótidos complementarios y luego se polimerizan para anclar secuencias unidas a secuencias conocidas en la plantilla de ADN. El orden de las bases se determina a través de la fluorescencia de los nucleótidos unidos. Este método de secuenciación de ADN permite secuenciar un gran número de nanoesferas de ADN por ejecución, abatiendo costos.

La secuenciación de nanobolas de ADN implica aislar el ADN que se va a secuenciar, cortarlo en fragmentos pequeños de 100 a 350 pares de bases (pb), ligar las secuencias adaptadoras a los fragmentos y circularizar los fragmentos. Los fragmentos circulares se copian mediante replicación en círculo rodante, lo que da como resultado muchas copias monocatenarias de cada fragmento. Las copias de ADN se concatenan de la cabeza a la cola en una hebra larga y se compactan en una nanobola de ADN. Luego, las nanoesferas se adsorben en una celda de flujo de secuenciación. El color de la fluorescencia en cada posición interrogada se registra a través de una cámara de alta resolución. La bioinformática se utiliza para analizar los datos de fluorescencia y hacer una llamada base, y para mapear o cuantificar las lecturas de extremo único o emparejado de 50bp, 100bp o 150bp.

La tecnología de secuenciación de nanoesferas de ADN ofrece algunas ventajas sobre otras plataformas de secuenciación, como la erradicación de los duplicados ópticos ya que las nanoesferas de ADN permanecen en su lugar en la matriz modelada y no interfieren con las nanoesferas vecinas. Otra ventaja es el uso de ADN polimerasa Phi 29 de alta fidelidad para garantizar una amplificación precisa de la plantilla circular, minimizando errores durante la lectura.

Aplicaciones

Genómica
Transcriptómica (RNA-Seq)
Transcriptómica Unidireccional
Secuenciación de RNA´s pequeños
Metagenómica (Shot-gun, 16S, ITS)
Exomica

Equipo MGI Seq-2000

Descripción del Servicio

Preparación de las bibliotecas a partir de DNA o RNA (o sus variantes).

Amplificación por medio de circulo rodante
Corrida de secuenciación.
Entrega de resultados de las lecturas y sus calidades generados en archivos FASTQ y FastQC.
Análisis Bioinformático (a solicitud del usuario)

Requisitos de la Muestra

DNA genómicoRNA Total

Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio..
CO 260/280 > 1.8.
CO 260/230 > 1.8.
El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
La muestra de DNA deberá entregarse en agua a una concentración > 200 ng/µl y congelada

Se requieren 3 µg de material genético, integro y limpio..
CO 260/280 > 1.8.
CO 260/230 > 1.8.
El usuario deberá proveer 1 foto del gel para verificar la Integridad de la muestra.
La muestra de DNA deberá entregarse en agua a una concentración > 200 ng/µl y congelada

Nota: Cualquier contaminación en la muestra se reflejará en la calidad y/o el rendimiento de los resultados, ya que puede inhibir las reacciones iniciales del proceso hasta el punto de no permitir la generación de la biblioteca y generando una merma en los resultados.