Secuenciación de Moléculas Individuales en Tiempo Real

La Tecnología Single Molecule Real Time Sequencing (SMRT-Seq) o Secuenciación de Moléculas Individuales en Tiempo Real, se clasifica dentro de las tecnologías de secuenciación de tercera generación y tiene la capacidad de generar lecturas largas de hasta 30,000 pb siempre y cuando el material genético cuente con los requisitos necesarios.

SMRT-Seq es una de las tecnologías con mayor impacto ya que por medio de ella se pueden obtener genomas cerrados, modificaciones de tipo 5-metil citosina y todos los tipos de modificaciones de nucleótidos, incluso detectar isoformas de genomas muy complejos.

La secuenciación con la plataforma PacBio opera dentro de un chip de silicio (celda SMRT), que contiene un gran número de pozos microscópicos llamados ZMW (zero-mode waveguides). Dentro de cada pozo, la secuenciación se realiza en modo de molécula circularizada llamada SMRTbell.

Aplicaciones
  • Genómica
  • RNASeq e Iso-Seq, generación de transcriptomas de referencia
  • Detección de variantes
  • Targeted Sequencing
  • Metagenómica de genomas completos
  • Epigenetica

Especificaciones del Equipo
PACBIO SEQUEL


Número de lecturas de alta precisión (99.99%) El número de lecturas dependerá del tamaño del inserto y la calidad de la muestra
Bases secuenciadas por corrida
≥400,000 -- ≥5Gb por celda

Descripción del Servicio
  • Re-Purificación de la muestra.
  • Generación de bibliotecas con promedio de longitud de ± 10Kb ó ± 20Kb, dependiendo de la integridad de la muestra.
  • Secuenciación a la profundidad requerida.


Requisitos de la Muestra
Para bibliotecas de ± 10 Kb:Para bibliotecas de ± 15 Kb:
  • Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 12 Kb.
  • Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
  • Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectometría.
  • OC 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2
  • Se requiere DNA de alto peso molecular que tenga un tamaño mayor a 20 Kb.
  • Es importante que a la hora de Extraer el DNA no se use UREA ya que inhibe la reacción.
  • Se requieren 25 µg totales de DNA, medidos por espectometría.
  • OC 260/280 ≥ 1.8 OC 260/230: 1.8 a 2.2
  • Ejemplo de DNA de alto peso molecular revisado en Chef.

Entrega de Resultados

Tiempo de entrega: La preparación de una bilioteca y la corrida de una SMRT-Cell toma aproximadamente dos semanas, dependiendo del tipo proyecto, del número de bibliotecas a preparar y de la profundidad de la secuenciación, se podrá estimar el tiempo de la entrega de los resultados.

Los formatos que genera el sistema Sequel durante la secuenciación son los archivos .bam y .bam.pbi , que se entregaran junto con el reporte del proyecto.

El Laboratorio de Servicios Genómicos cuenta con el servicio de Análisis Bioinformático, para mayor información contacte mediante el siguiente enlace Servicios de Análisis Bioinformáticos

Formatos

Contacto
María Guadalupe de Jesús Mireles Rivera
guadalupe.mireles@cinvestav.mx
Tel: (462) 166 3024
Q. Beatriz Jiménez Moraila
beatriz.jimenez@cinvestav.mx
Tel: (462) 166 3021

Comments are closed.